Skype on nüüd kõikidele kasutajatele kättesaadavaks tegemas krüpteeritud sõnumite saatmise võimekust, kuid erinevalt mitmetest teistest suhtlusplatvormidest ei ole krüpteeritud kõik sõnumid.
Skype lubab igas seadmed pidada vaid ühte krüpteeritud vestlust, mille puhul on nii saadetud sõnumid kui ka kõned krüpteeritud. Samuti peidetakse sõnumite sisu teavitustest ja eelvaadetest.